游戏开始时，玩家位于家中二楼，需先从电脑中取得伤药后下楼。出门后直接向北行进，进入1号道路的草丛区域时，大木博士会自动出现并阻止玩家前进，随后带领玩家前往研究所。研究所紧邻主角家西北方向，与劲敌小茂的家在同一城镇。
进入研究所后，需从桌上三个精灵球中选择初始宝可梦（妙蛙种子、杰尼龟或小火龙）。选择后，劲敌小茂会挑选属性克制你的宝可梦并提出对战。对战胜利后，博士会委托玩家前往常磐市的友谊商店取回包裹，这是触发后续剧情的关键任务。
从蔓莎拉镇向北进入常磐市，在友谊商店与店员对话获取包裹后需立即返回研究所。交付包裹后，大木博士会赠送宝可梦图鉴，同时小茂的姐姐会提供城镇地图。玩家才正式获得自由探索权限，可继续向22号道路或常磐森林推进主线。
在首次进入研究所前，建议先回家与母亲对话回复宝可梦状态。研究所内无隐藏道具，但初始宝可梦的选择会影响前期对战难度，草系妙蛙种子对首个道馆（岩石系）更具优势。若错过与劲敌的对战或未取包裹，剧情将无法推进。
