更换飞船前，首要条件是确保指挥官已考取相应驾照，因为飞船驾照等级直接决定了你能够使用哪些舰船及其加成的强弱，越早获得高驾照等级就能越早驾驶更高级别的舰船。在满足驾照要求后，你需要通过任务、探索或生产获得目标舰船并将其存放于仓库中，为更换做好准备。根据游戏内信息，不同舰船的定位差异显著，例如护卫舰和驱逐舰速度快、操作灵活，适合快速移动的任务，而战列舰火力强劲但移动缓慢，更适合高强度战斗，明确需求是选择更换目标的前提。
更换飞船的核心操作在停机坪界面内完成，该界面是你配置舰船并使其能够出战的唯一场所。你需要点击主界面左下角的菜单按钮，并选择进入停机坪。在停机坪操作界面中，左侧会显示当前已停放的舰船列表，若想替换其中一艘，只需在列表中选中它，然后点击界面右下方的装箱按钮。这个操作会将该舰船移入仓库，并且系统会自动将其已装配的装备拆卸下来一并存入仓库，为新的舰船腾出停机位。
当停机坪出现空位后，你便可以点击空位，从仓库中选择你想要使用的新飞船将其放入。需刚从仓库中取出的舰船本身不会携带任何装备，因此更换操作并未结束。你必须点击该舰船的配置选项，为其重新搭配武器、装置和组件，使其形成有效战力。完成所有装备的安装与功率、计算力校准后，才能在出战界面中选择这艘新配置好的飞船执行任务。这一系列操作是飞船更换流程中不可或缺的实战落地环节。
除了常规舰船的更换，游戏内还存在旗舰这一特殊类别，其获取和更换流程与普通舰船不同。旗舰无需担心电量和弹药，但其运作依赖于一种名为旗舰能量块的军团道具，由军团生产线制造。旗舰只能在指定的旗舰船坞中由旗舰管理员添加能量块，当能量块耗尽时，其武器和装置将无法使用。旗舰驾驶资格需要由军团的副团长或团长任命，普通玩家获得资格后方能登记并驾驶旗舰，这一机制体现了更高层级的战略协作与资源管理。
