火影忍者手游中技能数量最丰富的忍者当属秽土三代，这位被称为忍术教授的角色拥有多达9个技能，涵盖了多种攻击和控制效果。在决斗场中，他的技能组合可以灵活应对不同战斗场景，无论是远程消耗还是近战爆发都能游刃有余。金刚牢壁的困敌效果配合火遁的高额伤害，往往能在短时间内终结对手。想要掌握这位忍者需要花费不少时间练习技能衔接和释放时机。
初代火影千手柱间同样是技能变化较多的选择，他的木遁忍术不仅范围广，还附带独特的格挡机制。在战斗中合理利用普攻触发的格挡效果，可以创造绝佳的反击机会。骑乘木龙的技能既能用来突进攻击，也可作为位移手段脱离危险。虽然操作难度不低，但熟练掌握后能在战场上游刃有余地切换攻防节奏。
宇智波斑在技能多样性方面也有亮眼表现，他的须佐能乎形态切换让技能产生质变。二技能的空中位移能力几乎覆盖整个Y轴范围，搭配一技能的反手防御效果，能形成极强的控场能力。奥义技能的范围堪称全游戏最广之一，几乎不给对手留下躲避空间。面具男的技能设计同样别具匠心，在神威空间内会获得额外强化效果。二技能的位移兼具进攻与撤退功能，虽然存在些许后摇但整体灵活性出色。
